Музей анатомии человека был создан одновременно с открытием кафедры нормальной анатомии Императорского Томского университета в 1888 году.
Основатель музея — первый заведующий кафедрой, профессор, доктор медицины Николай Михайлович Малиев.
За небольшой период сотрудниками кафедры было изготовлено 594 препарата, с которых и начинается история музея.
Огромный вклад в развитие музея и пополнение его коллекции внёс профессор Гордей Максимович Иосифов, известный всему миру не только как основатель отечественной лимфологии, но и как главный консультант работ по бальзамированию тела В. И. Ленина.
В дальнейшем коллекция пополнялась уникальными препаратами, изготовленными выдающимися учеными Поповским И.С., Иосифовым Г. М., Азбукиным А. П., Ждановым Д. А., Цветковой В. А. и другими.
В 1923 г. во время пребывания в Томске музей анатомии посетил нарком просвещения РСФСР А.В. Луначарский.
