Музей патологической анатомии основан в 1890 году первым заведующим кафедрой патологической анатомии, профессором К.Н. Виноградовым, который привез в Томск из Петербургской медико-хирургической академии набор макропрепаратов. Эта коллекция и послужила началом создания патологоанатомического музея, что, в свою очередь, позволило начать обучение по дисциплине «Патологическая анатомия». Дальнейшее пополнение экспонатов происходило исключительно за счет собственного материала.