Музей судебной медицины располагается на втором этаже Новоанатомического корпуса Сибирского государственного медицинского университета, в одной небольшой комнате площадью 50 кв.м. Коллекция музея в сравнении с музеями подобного рода в столичных университетах очень скромная, но, несмотря на это, история и экспозиция музея судебной медицины университета по-своему уникальны. Основателем музея, заложившим основы экспозиции и существующей по сей день коллекции препаратов, был профессор Михаил Федорович Попов, который приехал в Томск из Харькова в 1891 году и более 25 лет заведовал кафедрой судебной медицины. Изначально музей, как и кафедра судебной медицины, располагался в старом анатомическом корпусе в Университетской роще. Однако по инициативе Попова М.Ф. в период 1904-1907 гг. был построен Новоанатомический корпус, в котором сосредоточились на тот момент времени все морфологические кафедры медицинского университета, в том числе, кафедра нормальной анатомии, кафедра патологической анатомии, кафедра морфологии и общей патологии, а также кафедра судебной медицины. До сих пор во всех музеях Новоанатомического корпуса, в том числе в музее судебной медицины, бережно хранятся мебель, стенды, уникальные шкафы и экспонаты, насчитывающие более 100 лет своего существования.