Большинство экспонатов, составляющих коллекцию музея судебной медицины, представляли собой вещественные доказательства по различным уголовным делам, и, соответственно, имеют свою собственную историю со своими героями и трусами, подлецами, жертвами и убийцами. Часть экспонатов музея до сих пор окутана тайной. Есть среди предметов коллекции музея экспонаты, отражающие историю нашего края, историю известных людей, чья жизнь тем или иным образом оказалась связанной с Сибирью и с Томском, в частности. Интересно, что в первые десятилетия существования кафедры помощником прозектора здесь работал будущий Президент Академии медицинских наук СССР Николай Николаевич Бурденко. В музее представлены работы, демонстрирующие научные интересы заведующих кафедрой судебной медицины, к примеру, живописные рисунки, которые принадлежат руке профессора кафедры Елизаветы Ансовны Яковлевой, которая посвятила свою диссертационную работу изучению особенностей процесса гниения на различных стадиях разложения трупов, осуществив при этом более 300 эксгумаций. Кроме того, в музее можно увидеть поражающие своей правдивостью и искусством исполнения восковые муляжи, демонстрирующие различные виды повреждений кожи и костей скелета. Муляжи выполнены очень качественно и оставляют неизгладимое впечатление, что обусловлено еще и тем, что они были выполнены учеником известного русского художника И.Е. Репина – Голубиным С.И., который в конце 30-х годов был репрессирован и сослан вместе со своей семьей в Томск. Совершенно отдельного внимания заслуживает коллекция экспонатов, посвященная теме половых преступлений, большая часть из них была доставлена из мест лишения свободы, находящихся в пределах города Томска. Истории, связанные с данными экспонатами, зачастую поражают своей невероятностью и жестокостью. В музее представлена также большая коллекция огнестрельного оружия, в том числе самодельного, и не меньшая по объему коллекция разнообразных патронов. Есть среди экспонатов музея большое количество влажных и сухих препаратов – кожные лоскуты, внутренние органы, а также кости скелета с огнестрельными повреждениями.
